有機肥可提高土壤有機質,改良土壤理化性質。增施有機肥，不斷提高土壤有機質含量是提高土壤肥力的主要環節。有機質能夠增加土壤的通氣性、透水性、蓄水性以及改善根系生長環境,使土壤保水保肥能力增強。
     有機肥的特點有機肥是以各種廢棄食、包括植物廢棄物、食用菌廢棄物等；采用物理、化學、生物三者兼有的處理技術，經過一定的加工工藝；消除其中的有害物質（病原菌、病蟲卵害、雜草種籽等）達到無害化標準而形成的，符合國家相關標準（NY 525-2012）及法規的一類肥料。
     不僅含有植物所需的氮、磷、鉀等大量元素，也含有植物所需的其他微量元素，有機肥主要含有機質，通過有機質的腐殖化和礦質化能夠改良土壤；有機肥含養分全面，各種中微量元素，可以滿足各種作物的需要；同時有機肥在改善土壤保肥供肥性有很大用。
     有機肥提供的哪些元素是化學肥料無法提供的?
     有機肥不僅給作物提供氮、磷、鉀，還提供大量有機養分和活性物質,如氨基酸、胡敏酸、糖類以及核酸的降解產物,均可供作物直接吸收,并刺激根系生長。其中有機肥含有大量微生物,能加速土壤中有機養分的分解和循環。
     大量施用化學肥料或養分配比不當均會導致農產品品質下降,而有機肥和化肥配合施用,可提高作物的蛋白質、氨基酸的含量,同時也使蔬菜當中的硝酸鹽含量下降,維生素C含量上升。植物體內的氨基酸的含量增加,有助于增強植物的抗逆性和抗病蟲害能力。
     長期使用化肥帶來的問題化肥的長期不合理使用，不僅造成了土壤污染，還造成生態環境污染。過量的化肥進入土壤加重了水域污染和富營養化，使水質惡化、農產品質量下降兵引發了系列的食品安全問題。長期以來對土壤的這種掠奪式種植模式加之片面的大量使用化肥，最終導致土壤生態平衡遭到嚴重破壞，土壤肥力下降到令人吃驚的程度。有研究表明，化肥對土壤的污染主要體現在三方面：首先是施用過量，造成土壤養分平衡失調；其次是有毒磷肥施入土壤中，經轉化可形成對植物有毒害的物質，而且磷肥中的重金屬也會對植物造成毒害；三是隨著肥料用量的逐年增加，也使土壤中的金屬含量累積增加。因此，發展有機肥料既是人們要求提高食品質量的需要，也是農業可持續發展戰略的需要。我國已經開始加強有機肥料使用，控制和合理使用化肥，目前正逐步通過加大對有機肥料的研制和開發力度，用來控制以往的掠奪式生產模式，將惡性循環轉化為良性循環，確保農業持續高效發展。
     隨著工農業生產的迅速發展，傾入并滯留于土壤中的化學污染物的數量和種類也越來越多，不但污染環境，而且影響土壤肥力，影響產量，降低農產品品質，繼而給人類生命健康帶來威脅，因此保護土壤和凈化受污染土壤，是現代科技面臨的一個重要任務。